空氣熱交換器在運行中容易出現振動的問題，這個問題的根源主要在于設備的設計。設備在設計時要考慮其運行中的振動問題，免掉它發生振動，需要合理的選擇空氣流動的速度，或沿著空氣流動的方向加裝防振隔板。

設備的另外一個常見問題是堵灰。它在工作時會接觸到鍋爐排出的煙氣及其中所攜帶的顆粒型灰塵，長時間灰塵堆積即會形成堵灰。

空氣熱交換器的其它常見問題還有噪聲和漏風。設備處理振動問題時加裝的防振隔板，對減低和消掉設備的噪音問題也有很大作用，而關于設備的漏風問題，則需要從設計、運行等多個方面上升設備的密封性